报告人：肖奕（华中科技大学）

报告时间：2020年5月30日下午14:00-15:00

腾讯会议ID：710828808

报告摘要：

 

蛋白质如何从一维的序列形成三维的结构，即蛋白质折叠问题，自上世纪五六十年代被提出便一直是生物物理学的热点问题。随着近年来实验手段的发展，人们逐渐把研究重心从体外折叠转移到了体内折叠。蛋白质新生肽链的共翻译折叠是体内折叠的第一步，指的是新生肽链在核糖体上边翻译边折叠的过程。最近的一系列实验表明与体外折叠相比，共翻译折叠可以有效避免错误折叠态或聚集态来提高折叠效率，但其微观机制还并不清楚。我们采用分子动力学模拟方法模拟了HP35等几个蛋白分子的共翻译折叠过程，分析了可能的折叠机制。

为了比较，我们首先采用最新的 ff14SB 力场模拟了HP35等蛋白分子的体外折叠。对于HP35，结果发现，除了两条已知的折叠路径，发现一条新的折叠路径，与实验显示的多折叠路径结果一致。然后，为了研究体内共翻译折叠的机制，我们构建了一个核糖体新生肽链输出管道模型，并选取了HP35等四个蛋白进行了共翻译折叠模拟。结果发现，与体外折叠相比，共翻译折叠能大幅提高螺旋结构的比例，并减少出管道前非天然长程接触的数目。除此之外，对于 HP35，共翻译折叠能通过增加更容易折叠路径的权重来提高折叠效率;而对于蛋白GTT，共翻译折叠可以促进正确折叠中间态的形成。这些结果表明，相对体外折叠，共翻译折叠能够提高蛋白质折叠的效率。

报告人简介

肖奕，华中科技大学物理学院教授，《Biophysics Report》副主编，中国细胞生物学会功能基因组信息学与系统生物学学会副会长。1981年获湖南师范学院物理系理学学士学位，1984年获中国科学院生物物理研究所理学硕士学位，1988年获上海交通大学应用物理系理学博士学位。目前教授本科生《理论力学》和研究生《生物物理学》等课程，主要研究方向为蛋白质和RNA折叠物理机制以及单体与复合物结构预测、生物网络结构和动力学。